про битву с Томой можно сказать - она у них была явно не первый раз - Мисака била со все силы, не сдерживаясь (хотя если бы это был не Тома - сто пудов бы замочила парня

), да и вернулась к девочкам как ни в чём не бывало
то что осталось от места битвы
может это у них с Томой любимое занятие - в "салки" бегать играть (или может Мисака не знает как по другому чувства выразить

)
с другой стороны говорится что Куроко с Мисакой вместе живут всего месяц... в то время как в оригинале в одной из серий Томо приходит к ним "в гости" и узнает о клонах Мисаки и что к тому моменту акселератор успел убить их 10к... а сдесь о клонах не слова... могли ли успеть произойти действия оригинала за этот месяц - с трудом верится
в общем пока всё же моя основная версия - что действия происходят после оригинала, просто опущена сюжетная линия с клонами Мисаки...