Как же мне порой жалко виндузятников. При переустановке системы им приходится устанавливать заново ВСЕ программы и КАЖДУЮ из них отдельно заново настраивать... Кошмар.  
   А теперь по теме: настройки файрфокса под виндой хранятся в папке 
 C:\Documents and Settings\Администратор\Application Data\Mozilla 
 Возможно эту папку забэкапить и потом вернуть на место. Но я не гарантирую, что потом всё правильно заработает (в отличие от копирования ~/.*). 
 Есть второй способ оффлайн-бэкапа, официальный и правильный, но сохранятся только история и закладки, но не настройки: 
 Жмём Ctrl+Shift+B, выбираем 
Импорт и резервирование -> 
Резервное копирование, выбираем файл. 
 После переустановки жмём снова Ctrl+Shift+B, выбираем 
Импорт и резервирование -> 
Восстановить -> 
Выбрать файл... и открываем тот же файл. 
 Что же касается синхронизации, сейчас появился классный проект Mozilla Weave, который в перспективе должен стать кросс-браузерным (пока не доделан, но пользоваться уже можно): 
http://labs.mozilla.com/projects/weave/  Помимо этого, существуют сотни (уже доделанных) сторонних синхронизаторов, например: 
 http://xbelsync.sourceforge.net/  http://chipmark.com/  И это только опенсорсные кросс-браузерники. 
 Если же речь идёт чисто об FF, то вот тебе маленький списочек: 
 https://addons.mozilla.org/en-US/firefox/search?q=b...=weeklydownloads  ...этого должно хватить  
